Los órganos de Gobierno de la Federación Autismo Andalucía son la Asamblea y la Junta Directiva. Actualmente, la Junta Directiva de Autismo Andalucía está compuesta por los siguiente miembros:

José Reyes Ortega (Autismo Málaga)
Presidente
«Las personas con TEA deben tener las mismas oportunidades que el resto de la ciudadanía».

Mercedes Molina Montes (Autismo Sevilla)
Vicepresidenta
«Necesitamos que las instituciones públicas reconozcan la especificidad de las personas con TEA».

 
M.ª Carmen López Ginés (Autismo Cádiz)
Secretaria
«El funcionamiento de la Federación y sus entidades miembros debe girar entorno a las demandas de las personas con TEA y sus familias».

Francisco Javier Velasco Acosta (Autismo Málaga)
Tesorero
«Reclamar una mayor dotación presupuestaria para mejorar y optimizar los recursos de las personas con TEA es una responsabilidad de todos».

 
Manuela Gálvez García (Autismo Jaén)
Vocal
«Corresponde al movimiento asociativo liderar las reivindicaciones del colectivo».
M.ª del Carmen Almagro Torres (Asociación Altea)
Vocal
«El TEA aún es un gran desconocido para muchos, dedicamos parte de nuestro tiempo a formar parte del cambio, a reivindicar los derechos del colectivo.”